El emblema de la Zen Okinawa Kobudo Renmei es muy distintivo, caracterizado por el color dorado. El emblema esta basado en la flor de Kiku o crisantemo, la cual representa el Escudo Imperial Japonés. Matayoshi Sensei es el único arte marcialista Okinawense honrado por el Emperador del Japón para poder usar la Flor Imperial como símbolo de su organización. La parte interior del emblema contiene el símbolo Mitsu Domoe que representa el Escudo Imperial Okinawense de la dinastía Sho. Con esto, el emblema de Matayoshi Kobudo representa la combinación de las culturas Japonesa y Okinawense.